Indonéziában 51 nemzeti parkot tartanak számon, amelyből hat világörökségi helyszín.
Jáva szigetén 12 nemzeti park található. Néhány ismertebb nemzeti park.
| Megnevezés: | Létrehozás éve: | Terület: | Leírás: |
| Alas Purvo | 1992 | 432 km2 | Blanbangan szigeten található. Kelet-Jáva délkeleti csúcsán. Nemzeti parkban található a Mount Linggamanis (332m) hegycsúcsa.
Védett állatok: banteng ( vad szarvasmarha),jávai langúr, zöld páva, bankivatyúk, zöld teknős Védett növényzet: Terminalia catappa , Calophyllum inophyllum , Sterculia foetida , Barringtonia asiatica és Manilkara kauki Márciustól – novemberig szörfösök paradicsoma. |
| Baluran | 1980 | 250 km2 | Jellemzően száraz éghajlatú, gyér növényzettel rendelkező vidék. Legmagasabb pontja: Baluran-hegység (1224m)
Veszélyeztetett fajok: jávai leopárd, indiai muntyákszarvas, jávai egérszarvas, halászmacska, indiai marabú. Bateng állomány jelentős csökkenése tapasztalható. Az utolsó jávai tigrisek 1960-ig éltek a területen. A sok mocsaras terület veszélyt jelent a bateng-állomány túlélésében. A nemzeti parkot évente több, mint 10 ezer látogató tekinti meg. |
| Bromo Tengger Semeru | 1983 | 503 km2 | Vulkáni hegyek által ölelt mencék jellemzik. Egy részét homoktenger borítja. Legmagasabb pontja : Mount Semeru (3676 m)
A parkban és környékén a Tengger nép lakik. Java szigetén maradt néhány jelentős hindu közösség egyike. A mintegy 600 000 lakosuk harminc faluban található az elszigetelt Tengger hegyeiben. A tengeri homok megőrzésén túl cél a gazdag flóra és fauna megőrzése. |
| Gunung Ciremai | 2004 | 155 km2 | Ciberon városától 50 km-re délre fekszik, Nyugat-Szumátrán. Védett fajok: szumátrai fenyő, jávai gesztenye, macaranga, leopárd, muntyákszarvas, jávai sólyom és különféle piton fajok.
Legmagasabb pontja: Mount Ceremai (3078 m) |
| Mount Gede Pangrango Nemzeti Park | 1980 | 152 km2 | Mount Gede (2 958 m) és a Pangrango (3,019 m) két vulkáni hegy is található a nemzeti parkban. Gyors folyású hegyi patakok övezik a területet. Több, mint 450 féle madárfaj található meg, köztük olyan ritka fajokkal, mint a jávai sólyom és a jávai bagoly. 1977 óta az UNESCO bioszféra rezervátumnak nyilvánította.
Olyan ritka fajok védelmét őrzik itt, mint az ezüst gibbon, jávai leopárd, leopárdmacska, maláj tarajos sül. |
| Gunung Halimun Salak | 1992 | 400 km2 | Salak-hegyet és a Halimun-hegyet magába foglaló nemzeti park. Ködös hegycsúcsai elérik az 1929 m-t, Mount Salak nagyon csapadékos és jelentős vízgyűjtő terület. A területen él a Kesepuhan 5.300 főt tartalmazó hagyományőrző közösség.150 faj található meg a parkban. Védett fajok: ezüst gibbon, jávai sólyom, jávai leopárd. |
| Gunung Merapi | 2004 | 64 km2 | Merapi (2930 m) vulkáni kúpját övező természetvédelmi terület. Aktív vulkáni tevékenység jellemzi (2006,2010,2018 kitörés) |
| Gunung Merbabu | 2004 | 57 km2 | Merapi-hegy közvetlen közelében lévő, Saragita városa közelében helyezkedik el. Merabu-hegy (3145 m) vulkáni kúpja menténk kialakított természetvédelmi terület. |
| Karimunjawa | 1986 | 1116 km2 | 80 km-re helyezkedik el Jeparától. Fehér homokos strandot, korallzátonyokat is magában foglalja. Védett fekete korall, közel 250 fajta díszhalakkal. Fokozottan védett tengeri fajok: szarvas sisakcsiga, Triton tengeri csiga, számos polip és csigafaj. Kemujan-sziget mellett 1955-ben elsüllyedt Indoro nevű panamai hajó népszerű búvárhelyszín. |
| Kepulauan Seribu | 1982 | 1080 km2 | 342 kisebb szigetből álló hatalmas kiterjedésű tengeri természetvédelmi terület. A természet védett értékei a nagy kiterjedésű korallzátonyok és tengeri teknősök. A part mentén sűrű mangrove-erdők húzódnak, amelyben varánuszok és kígyók sok fajtája található meg. |
| Meru Betiri | 1982 | 580 km2 | Kelet-Jáván található, amely 8,45 km2 tengeri területet is magában foglal. Természetvédelmi terület 29 emlős és 180 madárfajt foglal magába. Megtalálható itt: batang, vaddisznó, leopárdmacska, jávai repülőmókus, zöld páva, tengeri teknősfajok. Jávai tigris, mint a kihalás szélén álló ragadozó kis számban megtalálható a térségben. Védelem alatt áll a tengerparti, mocsári növényzet, gazdag mangrove erdőivel. |
| Ujung Kulon | 1992 | 1206 km2 | Jáva legnyugatibb csúcsán található nemzeti park Krakatau és Lampung tartományban helyezkedik el, melyhez hozzátartozik Panaitan a környező kis szigetekkel. A Krakatau vulkáni kitörései miatt mintegy 30 cm vastag réteghamu borítja a terület jelentős részét. A kritikusan veszélyeztetett jávai orrszarvú utolsó menedéke. A jávai tigrisek 1960-ig éltek a területen. 57 növény, 35 emlős, 72 hüllő és kétéltű és 240 madár faj él a területen. Olyan nagytestű hüllők otthona, mint a szunda-krokodil vagy a bordás krokodil. |